В университете реализуется программа довузовской подготовки абитуриентов через работу подготовительных курсов (в том числе подготовка к сдаче единого государственного экзамена (ЕГЭ)), физико-математической школы, профильных инженерно-экологических классов, сеть общеобразовательных школ и ссузов Москвы, Подмосковья и других областей РФ; совместно с Управлением образования САО г. Москвы проводятся круглые столы с директорами школ «Профориентационная работа в системе непрерывного образования»; обучение учителей экологии; ежегодная конференция старшеклассников «Духовность и экология». В 2008 году университет занял 3 место среди столичных вузов (премия Правительства Москвы) за высокую эффективность взаимодействия с общеобразовательными учреждениями.

Ежегодно по целевому приему в рамках договоров с органами исполнительной власти субъектов федерации и муниципальными образованиями первокурсниками университета становятся более 250 выпускников учебных заведений из более 20 краев и областей России, в том числе Чукотки, Чувашии, Мордовии, Тывы, Калмыкии, Якутии, Новгородской, Калининградской, Московской, Смоленской и Калужской областей.

В университете по 4 научным специальностям работают два диссертационных совета по присуждению ученой степени доктора и ученой степени кандидата технических наук.

На факультете повышения квалификации и дополнительного образования успешно организовано повышение квалификации руководящих работников и специалистов организаций водохозяйственного и природоохранного профиля систем Минсельхоза РФ и Минприроды и экологии РФ (Росводресурса), Правительства Москвы, научных сотрудников и преподавателей вузов.

В университете активно работают обновленные в последние годы Центр содействия трудоустройству выпускников и организации учебно-производственных практик, а также студенческий совет и Представительство ГУ «Гражданская смена»; создана и внедрена внутривузовская система менеджмента качества.

Начиная с 2000 года, в университете ежегодно проводятся ярмарки вакансий для выпускников с участием 30-40 организаций-работодателей; возобновлено студенческое движение строительных отрядов на объектах водохозяйственного строительства (УЭ Краснодарским водохранилищем, УС Богучанской, Бурейской и Сангтудинской ГЭС), благоустройства и мелиорации земель (Архангельская, Амурская, Московская области).