Обучение слушателей проводится на 3 факультетах.

Факультет национальной безопасности и обороны государства

осуществляет подготовку военнослужащих Вооруженных Сил Российской Федерации по специальности «Военное и государственное управление». Для обучения отбираются высшие и старшие офицеры, окончившие военные академии, проявившие в ходе служебной деятельности высокие моральные и деловые качества и имеющие перспективы служебного роста.

Отбор кандидатов осуществляется с должностей не ниже заместителей командиров соединений, начальников отделов (групп), старших офицеров центральных органов военного управления Министерства обороны Российской Федерации. Срок обучения — 10 и 6 месяцев.

Специальный факультет

- выпускает военнослужащих иностранных государств по специальности «Военная безопасность государства» со сроком обучения 10 месяцев. На высших академических курсах специального факультета срок обучения составляет от 3 до 5 месяцев в зависимости от специальности.

Факультет переподготовки и повышения квалификации

- осуществляет переподготовку и повышение квалификации военнослужащих по шести специальностям. Срок обучения — от 2 до 4 месяцев.

Научные исследования, проводимые сотрудниками академии, направлены на упреждающее решение проблем военной безопасности России, строительства, подготовки и применения Вооруженных Сил во взаимодействии с другими войсками и органами Российской Федерации.

С этой целью в составе академии имеются:

—институт стратегических исследований, занимающийся проблемами военного строительства и применения Вооруженных Сил Российской Федерации, а также разработкой, апробацией и координацией подготовки основополагающих уставных документов Вооруженных Сил Российской Федерации;

—научно-исследовательский институт (военной истории), который проводит фундаментальные, проблемно-поисковые и прикладные исследования в области всеобщей и отечественной военной истории;

—научно-практический центр, выполняющий исследования в области развития теории и внедрения методов военно-профессиональной ориентации и профессионального отбора призывников и военнослужащих;

—научно-исследовательский центр, который организует, планирует и координирует научную работу, подготовку научно-педагогических кадров в академии, а также проводит научные исследования по актуальным проблемам военной науки и практики.

Подготовка научно-педагогических и научных кадров осуществляется в докторантуре, адъюнктуре и путем соискательства. В академии работают четыре диссертационных совета, которые принимают к защите диссертации по 8 научным специальностям в 5 отраслях наук (военных, философских, политических, экономических и исторических).