В настоящее время структура Академии представлена двумя институтами:

Юридический институт и Институт повышения квалификации, где реализуются свыше 20 образовательных программ дополнительного образования и программы высшего образования по направлениям подготовки специалитета - «Правовое обеспечение национальной безопасности» и магистратуры  - по магистерской программе «Следственная деятельность».

Возглавляет Академию кандидат юридических наук, Почетный работник Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации, генерал-майор юстиции Багмет Анатолий Михайлович, имеющий опыт следственной деятельности и работы в органах прокуратуры более 23 лет, а также значительную практику преподавательской работы в высших учебных заведениях.

Основными целями деятельности Академии является осуществление образовательной деятельности по программам высшего образования и научной деятельности, а так же подготовка кадров для замещения должностей в следственных органах Следственного комитета Российской Федерации, подлежащих комплектованию специалистами с высшим образованием.

Академия располагается в собственном здании, обладает необходимым количеством аудиторий, оборудованных современными техническими средствами обучения, собственным библиотечным фондом, который уже сегодня соответствует требуемым критериям по количеству учебной, научной литературы на одного обучающегося.

В структуре Академии имеются кафедры для реализации образовательных программ высшего и дополнительного образования, лаборатория по управлению профессиональными знаниями следствия, учебно­-производственные и административно-хозяйственные подразделения, а так же факультеты Академии в Санкт-Петербурге, Екатеринбурге, Новосибирске, Нижнем Новгороде, Ростове-на-Дону, Хабаровске.

В настоящее время по научному потенциалу преподавательского состава Академия находится на достаточно высоком уровне: около 80% преподавателей имеют ученые степени доктора и кандидата юридических наук. В учебном процессе принимают активное участие специалисты-практики, обладающие бесценным опытом следственной практической деятельности и научно-педагогической работы, ветераны следствия.

Для эффективного осуществления учебной деятельности, отвечающей современным требованиям следственной практики, а также моделирования следственных ситуаций в Академии имеется криминалистический полигон. На полигоне проводятся практические занятия по криминалистике, в ходе которых используются специально приобретенные Академией различные виды современных технико-криминалистических средств.

В сентябре 2014 года Академия осуществляет свой первый набор учащихся.