Московская государственная академия водного транспорта представляет собой крупный учебно-научный комплекс, в состав которого входят 8 факультетов и 28 кафедр, в том числе 15 выпускающих и 13 общеобразовательных, колледж, научные и учебные лаборатории, компьютерные классы, спортивные залы, плавательный бассейн, студенческие общежития, производственные объекты и административно-хозяйственные службы, подразделения административно-управленческого, социально-культурного и бытового назначения.
МГАВТ имеет 4 филиала, представляющие собой бывшие речные училища.

В 2011-2012 учебном году подготовка специалистов в головном вузе проводилась по специальностям и направлениям высшего профессионального образования и специальностям среднего профобразования, программам послевузовского образования и программам дополнительного профессионального образования.

Специальности и направления ВПО

• Технология транспортных процессов
• Судовождение
• Организация перевозок и управление на транспорте
• Эксплуатация транспортно-технологических машин и комплексов
• Строительство
• Гидротехническое строительство
• Информационные системы и технологии
• Эксплуатация перегрузочного оборудования портов и транспортных терминалов
• Эксплуатация судовых энергетических установок
• Эксплуатация судового электрооборудования и средств автоматики
• Кораблестроение, океанотехника и системы морской инфраструктуры
• Кораблестроение
• Судовые энергетические установки
• Юриспруденция
• Менеджмент
• Экономика
• Менеджмент организации
• Управление персоналом
• Экономика и управление на предприятии

Специальности среднего профессионального образования

• Морское судовождение
• Средства механизации и автоматизации
• Гостиничный сервис
• Эксплуатация транспортных энергетических установок
• Эксплуатация транспортного электрооборудования и автоматики
• Организация перевозок и управление на транспорте
• Информационные системы
• Судовождение
• Эксплуатация судовых энергетических установок
• Эксплуатация судового электрооборудования и автоматики